Amazon 飛行船から配達計画?

[質問]wordpressマスターの方に質問です。プラグイン・テーマアップデートによるソース上書きを防ぐ為に出来る方法としては何がありますか？特にデザインなのですが、プロの方は「Simple Custom CSS」など活用していますか？それともマニュアルでファイルを管理されていますか？